Conozca cómo la secuenciación por nanoporos permite generar lecturas largas y cómo NanoTYPE™ aplica esta tecnología para abordar la complejidad del sistema HLA.
La secuenciación por nanoporos utiliza un principio diferente al de otras tecnologías de secuenciación.
Durante el proceso, una molécula de ADN atraviesa un nanoporo y produce modificaciones en la corriente eléctrica. Estas variaciones pueden utilizarse para determinar la secuencia de bases de la molécula.
Una de las características principales de esta tecnología es la posibilidad de generar lecturas largas, permitiendo atravesar regiones genómicas complejas de forma continua.
Esto puede resultar especialmente valioso cuando es necesario resolver variantes o determinar la relación entre ellas a lo largo de una misma molécula.
El sistema HLA —Human Leukocyte Antigen— presenta un elevado grado de polimorfismo y una importante homología entre diferentes genes.
Estas características hacen que su tipificación precise requiera tecnologías capaces de discriminar secuencias altamente similares y aportar información suficiente para resolver alelos y fase.
En este contexto, las lecturas largas ofrecen una herramienta especialmente interesante para laboratorios de histocompatibilidad e inmunogenética.
NanoTYPE™, desarrollado por Omixon —actualmente parte de Werfen—, es un ensayo avanzado para tipificación HLA basado en secuenciación por nanoporos.
El workflow permite amplificar 11 loci HLA mediante una única PCR multiplex de largo alcance. Markdown pegado
La combinación de PCR de largo alcance, secuenciación mediante lecturas largas y análisis bioinformático especializado permite abordar diferentes desafíos asociados a la caracterización del sistema HLA.
Entre sus principales características se encuentran:
• 11 loci HLA amplificados en una única PCR multiplex de largo alcance.
• Generación de lecturas largas para atravesar regiones genómicas complejas.
• Protocolos flexibles para procesar una muestra urgente o múltiples muestras en simultáneo.
• Software especializado orientado a reducir ambigüedades.
• Facilitación de la fase de variantes a larga distancia.
• Herramientas para el análisis de compatibilidad basada en epítopos.
La flexibilidad del sistema permite adaptar el procesamiento a diferentes escenarios del laboratorio.
Esto incluye desde situaciones en las que resulta necesario obtener la tipificación de una muestra individual hasta workflows destinados al procesamiento simultáneo de un mayor número de muestras.
La propuesta combina así alta resolución, lecturas largas y flexibilidad operativa dentro de un mismo workflow.
La complejidad del sistema HLA exige herramientas capaces de ir más allá de la identificación aislada de variantes.
La secuenciación mediante lecturas largas aporta la posibilidad de observar regiones genómicas complejas de manera más continua, mientras que NanoTYPE™ integra esta capacidad dentro de una solución específicamente desarrollada para tipificación HLA.
Más resolución. Más información genética. Una caracterización más completa del sistema HLA.
Desde ETC Internacional acompañamos a laboratorios de histocompatibilidad e inmunogenética interesados en implementar NanoTYPE™ y tecnologías de secuenciación de tercera generación.
asesoria.cientifica@etcint.com.ar
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